Enter The Matrix
Enter The Matrix - A Bordo del Logos
La historia empieza donde acaba el corto de Animatrix 'El Vuelo de Osiris'. La tripulación de Logon debe intentar recuperar a toda costa el paquete dejado por sus ya difuntos compañeros de armas, un paquete que puede contener información valiosísima que puede decantar el resultado final de la guerra de los humanos contra las máquinas. Así pues, Niobe, Capitana de la nave Logon, y Ghost, el Primer Oficial, se cargan en Matrix con el objetivo de hacerse con él, y encuentran mucha resistencia.
Túneles del mundo real
Acabáis de salir de matrix y tenéis que salir huyendo porque vienen muchos centinelas. Tu objetivo es simple, eliminar todo lo que se mueva.
Es una tarea difícil porque La nave está en constante movimiento y el modo de disparo es engorroso así que lo único que se puede hacer es intentar apuntar e ir disparando todo el rato. Estarás así un buen rato hasta que el juego te pida salvar.
La madriguera de conejo
Similar al nivel anterior pero debes extremar las precauciones y no dejar que se hacer ni un centinela pues a mitad de camino la cosa se complica y es muy problable que termines recargando la partida. Así que lo único que hay que hacer es apuntar como se pueda y rezar por dar en el blanco. Finalmente acabarás en una escena animada y se te mostrarán varias escenas de lo que será la tercera entrega de la película. Te pedirá salvar pero el juego habrá finalizado.