Las misiones secundarias están representadas en el mapa con círculos amarillos. Si acumulas una cierta cantidad de misiones secundarias completadas, accederás a nuevos poderes y cada misión que superes, limpiará de enemigos la zona y controlarás parte de la isla de New Marais.
Aliados insólitos Necesitas karma del bien (si tienes karma malvado, aparecerá otra misión diferente). Tienes que reunirte con un soldado de hielo desertor en el tejado. Charla con él para que empiece la misión. Síguele, elimina a los corrompidos que te han tendido una trampa y vuelve a seguir. Derrota a los enemigos y recoge los fragmentos. Recibirás 100 PE.
Batalla en la bahía La milicia y los soldados de hielo se están atacando. Habrás Saqueador y Criogenizador. Aprovecha la ocasión para derrotar a ambos. Consigues 100 PE.
Buscar y destruir Tienes que destruir a los enemigos que salen corriendo, antes que informen. Cuando veas a los tres, dispárale rayos desde la distancia. Tu premio será 100 PE.
Congelados Esta misión es con karma del bien. Si tienes karma malvado, tendrás que realizar otra misión diferente. Comienza con reunirte con el soldado de hielo aliado, que estará bastante cambiado. Síguele y derrota a todos los corrompidos, incluido un par de Señor del enjambre. Tras vencerlos, recibirás 100 PE.
Convoy Aparecerá en diversos momentos. Simplemente elimina el convoy con varios miembros de la milicia. En este caso, hay que hundir un par de barcos y a los tripulantes. Hay otra misión secundaria, con idéntico nombre, pero tendrás que derribar a milicia y a un Titán. Te compensará con 100 PE en cada ocasión.
Doble contratiempo Los soldados de hielo han capturado a un miliciano. Ataca ahora que están todos juntos. Vence a todos los enemigos y te compensará con 100 PE.
Entrega especial Llega hasta el tejado del almacén. Mira al mensajero, derrota a los soldados y recoge el paquete. Vence a todos, incluido a un Criogenizador y te obsequiará con 100 PE.
Foto finish Realiza fotos en los siguientes lugares: Punto de detonación de la Bestia, la torre de hielo, Titán disparando rayos de hielo ,bolas de hielo y manco. Finalmente, destrúyelo para recibir los 100 PE.
Fotos de acción La Bestia ha causado muchos daños. Tienes que sacar fotos de la grúa destruida y de la huella de la Bestia. Después, una foto de un corrompido devorando a un ciudadano, un soldado de hielo en el aire, un soldado de hielo de élite en su torre y pupa del señor del enjambre. Finalmente derrota a todos y cobrarás 100 PE.
Guardacostas Derriba a la milicia y hunde los dos barcos. Tu premio será 100 PE.
Guerrero orgulloso Interfiere la señal televisiva y al encontrarla, drena las cinco parabólicas. Finalmente, mira a un televisor, para ver un curioso anuncio y lograr recibir 100 PE.
Jugar al 'héroe' Sube al tejado para reunirte con Nix. Ejecuta la orden para que las mascotas (corrompidos) ataquen. Después, acude al rescate derrotando la milicia y restantes enemigos. Te compensará con 100 PE.
La prueba Encuentra al terrorista de las bombas de fragmentos. Corre tras él mientras evitas las explosiones hasta que llegue a unos rehenes. Puedes desactivar la bomba con L2, antes de atacar (bien) o dispara al terrorista (malvado). Conseguirás el trofeo Desmantelación rápida y 100 PE.
Más dura será la caída Derrota a multitud de enemigos: corrompidos, soldados, Titán, Devorador
Conseguirás 100 PE.
Medidas de emergencia Los monstruos han robado las medicinas. Recupera los cuatro paquetes médicos, custodiados por soldados de hielo. Recibirás 100 PE y desbloqueas un hospital.
Ola de frío Derrota a todos los soldados de hielo, incluido Criogenizadores. Recibes 100 PE.
Paquete oculto Esta misión suele aparecer tras derrotar a un grupo de enemigos. Se trata de localizar un paquete situado en una zona concreta del mapa. Al llegar al área, tendrás que orientarte con la foto recogida. Al final percibirás 100 PE.
Por prescripción facultativa Recoge el paquete de suministros con ayuda de pulso cinético y llévalo hasta el médico, lugar indicado en el mapa. Lánzalo cuando tengas que atravesar zonas de agua. Finalmente, te entregará 100 PE.
Proyecto mascota Las mascotas de Nix tienen hambre. Síguela para alimentarlas. Después, sigue al devorador y elimina a los soldados de hielo. Te dará 100 PE. Es una misión maligna y si la realiza, bloquea una misión del bien.
Riesgo biológico Encuentra y derrota a los soldados de hielo que corren. Cuando realices la tarea, tendrás 100 PE más en tu marcador y un hospital disponible.
Se sirve fría Vence a los enemigos, tantos los monstruos corrompidos como los soldados de hielo, ya que la los civiles están sufriendo las consecuencias. Te obsequiará con 100 PE.
Sobrecarga Tendrás que superarla varias veces, al igual que en la primera isla ya que no aparecerá una sola vez durante el juego, sino en repetidas ocasiones. Salta del transformador para sobrecargarte. Tienes que llegar al destino evitando tocar el suelo ignora a los enemigos y usando los cables de red eléctrica.Obtendrás 100 PE por cada vez que la superes.
Té con hielo La banda se hizo con un par de barcos de la milicia. Tira los suministros (24 paquetes) de los barcos. Cogerás 100 PE.
Tormenta de hielo Reúnete con la banda de Laroche y elimina a los soldados de hielo y un Titán que han ocupado el almacén. Te entregará 100 PE.
Vigilancia del enemigo Encuentra al soldado de hielo. Síguele para encontrar su base y acaba con todos ellos. Tu recompensa será 100 PE.
Alternativas Estas dos misiones son similares. La diferencia radica en la zona del conflicto y en quién te acompaña.
A- Labor de zapa Si seleccionas esta misión, no podrás realizar Rompehielos. Es para aumentar el karma maligno. Aparecerá Nix y te pedirá destruir a más enemigos. Síguela y acaba con miembros de la milicia, soldados helados y un Criogenizador. Al final, recibes 100 PE.