LEGO Marvel Super Heroes aborda una historia original basada en el Universo Marvel. Los jugadores tomarán el control de Iron Man, Spiderman, Hulk, Capitán América, Lobezno y muchos más personajes de Marvel para intentar detener a Loki y al resto villanos de Marvel antes de que destruyan el planeta. Los jugadores deberán conseguir las piezas cósmicas a medida que exploran un Manhattan legolizado y visitan lugares icónicos del Universo Marvel como la Torre Stark, el Asteroide M, la base Hydra o la Mansión X.