Existen 4 combates secretos que puedes desbloquear cumpliendo ciertos requisitos en determinados escenarios. Estos son todos los combates que puedes desbloquear:
Noob Saibot Cuando estés luchando en el Templo, fíjate en el fondo del escenario para ver si encuentras a Noob Saibot. Si lo ves, tendrás que ganar el combate sin utilizar el botón de bloqueo. Si lo consigues, en el siguiente combate te enfrentarás contra Saibot.
Jade Cuando te enfrentes a Shang Tsung, derrótalo en los dos rounds con una 'flawless victory'. Es decir, tendrás que vencer sin que te de ningún solo golpe. Después remátalo con un fatality y desbloquearás el combate secreto contra Jade.
Reptile Mientras luchas en el escenario nocturno The Pit, fíjate en la enorme luna llena que brilla al fondo. Si ves pasar la silueta del trineo de Santa Claus, derrota a tu adversario con dos 'flawles victory' (victorias perfectas) y remátalo con un fatality. Así desbloquearás el combate contra Reptile en su versión clásica.