Antes de recalar en las categorías inferiores del Real Madrid, también estuvo en el Getafe como cadete. Morata debutó con el primer equipo filial del Real Madrid en 2010. Estuvo un total de tres años, en los que consiguió el ascenso a 2ª convirtiéndose en la principal referencia ofensiva del Castilla. En su tercer año, dejaría el filial para formar parte del primer equipo.