Eleven 3: ¡La amenaza del Ogro! defiende la función social del deporte rey con una historia contada para niños. La aventura de este videojuego comienza en el futuro, dentro de 80 años, con Canon Evans, bisnieto de Mark Evans (el Iker Casillas de Inazuma Eleven y protagonista de la serie) observando una tropa de élite marchando por la calle. Pronto se da cuenta de que esta unidad militar, el equipo Ogro, forma parte de una conspiración urdida por el gobierno para cambiar el curso de la historia y así cumplir su maquiavélico objetivo de un mundo sin fútbol para controlar las mentes de sus ciudadanos. Para frustrar sus planes, Canon deberá viajar 80 años atrás y reunirse con Mark para unir sus fuerzas en defensa del fútbol, todo ello sin descuidar el rendimiento del Inazuma Eleven, que debe seguir adelante para coronarse como mejor equipo de fútbol del mundo.

¿Y qué papel tiene el jugador de Inazuma para salvar al fútbol de la dictadura? Al igual que Inazuma Eleven 3: Rayo celeste e Inazuma Eleven 3: Fuego explosivo, títulos lanzados para las consolasNintendo 3DS el pasado año, en ¡La amenaza del Ogro! deberá reclutar al mejor equipo del mundo para defender el fútbol y sus beneficios en la sociedad: podrás elegir entre más de 2000 personajes que podrás encontrar y reclutar, así como más de 350 supertécnicas integradas en el juego y más supertécnicas exclusivas de esta última entrega de la serie. Para aquellos que busquen mejorar vuestro equipo, una de las nuevas funciones de conectividad de ¡La amenaza del Ogro! es la conexión especial Ogro, que permite al usuario conectar con Inazuma Eleven 3: Rayo celeste o Inazuma Eleven 3: Fuego explosivo en una consola Nintendo 3DS diferente, así como reclutar jugadores especiales y recibir objetos que no están disponibles durante el juego normal.

Al igual que en otros títulos de la serie Inazuma Eleven 3, el éxito en el campo de juego se consigue maximizando las habilidades de cada jugador de la alineación inicial gracias a las estrategias de juego especiales de equipo que involucran al equipo al completo y el sistema de tiros encadenados con el que los jugadores pueden combinar varias supertécnicas de diferentes jugadores para lanzar devastadores ataques sobre la portería. Después de todo, Mark Evans y sus amigos tendrán que perfeccionar todos los movimientos a su disposición para derrotar al equipo Ogro y defender a su deporte favorito como mejor saben: jugando.