El coronavirus se analiza por todas partes, y en Nueva York también estudian las aguas residuales como indicador de la pandemia (en 14 plantas de la ciudad). Llevan más de un año encontrando misterioros ‘restos’ de coronavirus, linajes que no han sido detectados en humanos por más que han analizado muestras de todo tipo. Una de las teorías de los investigadores es que pueden ser de animales, posiblemente de ratas dada la gran colonia de este animal en la Gran Manzana, según han contado al diario The New York Times.

La investigación se acaba de publicar en Nature, “aquí informamos la detección de frecuencias crecientes de nuevos linajes crípticos de SARS-CoV-2 no reconocidos en la base de datos EpiCoV de GISAID. Estos linajes contienen mutaciones que rara vez se habían observado en muestras clínicas, incluidos Q493K, Q498Y, E484A y T572N, y comparten muchas mutaciones con la variante preocupante de Ómicron”.

Las posibles teorías de los linajes sin dueño

A la teoría de animales infectados, como ratas o ratones, se une la posibilidad de que estos linajes se deriven de infecciones humanas por COVID-19 no muestreadas o que indiquen la presencia de un reservorio animal no humano.

“Además de los linajes bien reconocidos, las muestras contenían secuencias RBD con constelaciones consistentes de polimorfismos detectados durante varios meses que no coincidían con los linajes informados en GISAID. Aquí nos referimos a estas constelaciones de mutaciones vinculadas en las secuencias de RBD como linajes (lo que significa que son descendientes comunes), aunque sin tener la secuencia completa del genoma no podemos decir si se derivaron de un solo linaje o de múltiples linajes con el mismo RBD. Estos linajes crípticos no eran estáticos, ya que varios de ellos parecían adquirir polimorfismos adicionales durante el período de muestreo”.

El dato más curioso, “a medida que la concentración de material genético del SARS-CoV-2 de las aguas residuales de la ciudad de Nueva York disminuyó junto con la disminución de pacientes con COVID, la fracción de las secuencias totales de estos linajes aumentó proporcionalmente”.

¿De dónde son esos linajes?

“La existencia de estos linajes crípticos puede apuntar a infecciones por COVID-19 de pacientes humanos que no están siendo muestreados a través de los esfuerzos de secuenciación clínica estándar. La frecuencia de casos semanales confirmados en la ciudad de Nueva York que fueron secuenciados varió del 2,6 % el 31 de enero de 2021 al 12,9 % el 12 de junio de 2021. Sin embargo, no todos los casos fueron diagnosticados y no todas las muestras positivas fueron secuenciadas. Por lo tanto, no se puede descartar que los linajes puedan derivarse de pacientes, que no están siendo muestreados en entornos clínicos”.

Monica Trujillo, microbióloga del Queensborough Community College y autora del nuevo artículo, afirma que “en este punto, lo que podemos decir es que no hemos encontrado los linajes crípticos en las bases de datos humanas, y hemos buscado por todas partes”.

El origen de Ómicron

Muchos científicos creen que Ómicron surgió de un paciente inmunocomprometido. Curiosamente, algunos de los linajes crípticos tienen algunas de las mismas mutaciones que Omicron, o mutaciones en los mismos lugares. Los experimentos de laboratorio sugieren que estos linajes también pueden evadir algunos anticuerpos.

Los linajes de la ciudad de Nueva York podrían ser el resultado del mismo tipo de presión selectiva para evadir algunas de las defensas inmunitarias del cuerpo, teorizan los investigadores. Mientras siguen buscando de qué tipo de animal pueden ser los linajes encontrados, les resulta tremendamente extraño que con la alta incidencia y secuenciación de muestras humanas, no coincida con ninguna, ni en hospitales, ni centros, ni residencias donde los pacientes pueden tener una salud más vulnerable.