En su primera conferencia de prensa como líder del Tour, Alberto Contador tuvo que responder a una pregunta sobre su efímera implicación en la Operación Puerto cuando era ciclista del Liberty, a las órdenes de Manolo Saiz. "Estaba en el lugar y en el equipo equivocados, pero, por fortuna, todo se solucionó", dijo el madrileño.

Por la mañana, el Tour también resolvió las dudas al respecto a través de su director, Christian Prudhomme: "Contador estuvo implicado en la Operación Puerto, pero las autoridades españolas le exculparon luego y para nosotros es un líder limpio y creíble (...). El abandono de Rasmussen es lo mejor de estos últimos días. La clasificación es hoy más fiable".

El documento 31.

Contador fue implicado en principio en el caso porque las iniciales A. C. aparecen manuscritas, junto a las de otros ocho ciclistas del Liberty, en uno de los papeles requisados, bajo el epígrafe de "Individualización" (documento 31 del sumario). Junto a A. C. y L. (presuntamente Luis León Sánchez, aunque este nombre nunca se confirmó) pone "nada o igual a J. J.". Este último sería Jörg Jaksche, quien, según el documento y las indagaciones de la Guardia Civil, estaría siendo tratado con insulina, factor de crecimiento, hormona femenina y el anabolizante trigón. El País publicó, el 30 de junio de 2006, estos datos del sumario (ver el gráfico adjunto).

En la salida del Tour 2006, el Astaná-Würth (sucesor del Liberty) fue excluido porque una interpretación del informe de la Guardia Civil apuntaba como implicados a cinco ciclistas de su alineación: Joseba Beloki, Allan Davis, Isidro Nozal, Sergio Paulinho y Contador. La escuadra se quedó con sólo cuatro corredores cuando el mínimo legal es de seis, así que fue descalificada.

Pero durante el verano, las autoridades instructoras de la Operación Puerto decidieron que Contador y Paulinho no estaban implicados. La Guardia Civil no encontró ningún dato ni código que hicieran sospechar del madrileño de Pinto. Además, el propio Eufemiano Fuente dijo públicamente que no conocía a Contador. La letra del médico tampoco se correspondía con el manucristo.

Contador quedó liberado incluso para correr la Vuelta a España 2006, aunque finalmente se vio obligado a renunciar porque sufrió un desfalleciento durante la Vuelta a Burgos y no se recuperó a tiempo.

Sí participó en la Vuelta, con el equipo Relax, Jesús Hernández, otro madrileño inicialmente implicado y después exculpado. Tanto Hernández como Contador fueron llamados a declarar el 12 de diciembre de 2006, en condición de testigos y a petición de la Fiscalía, por Antonio Serrano, juez instructor de la Operación Puerto.

Hernández y Contador formaban parte del listado de 51 corredores que, directamente o por exhorto, fueron interrogados sobre los posibles daños de salud que habrían sufrido por los tratamientos médicos. Contador negó que se hubiera transfundido sangre y que hubiera tenido secuelas físicas. Sólo dudó cuando el juez le preguntó si entregaría su ADN: primero dijo que no, pero luego rectificó y contestó afirmativamente.

Tras la disolución de Active Bay, el grupo deportivo de Manolo Saiz, Contador fichó por el Discovery Channel, con el que ahora compite sin problemas.