Debido a que tienen distintas formas de ser actualizados, los modos online y offline de Pro Evolution Soccer 2016 no reciben los upgrades al mismo tiempo para actualizar las plantillas, equipos y jugadores. Y mientras que el modo online de PES hace semanas que está ya completo, el modo offline todavía sigue haciendo esperar a los usuarios.Tras hacer esperar más de un mes entre el update para los modos online y el que actualiza las plantillas para los modos oflline del juego, Konami ha vuelto a anunciar un retraso, debido esta vez a problemas con el mercado de traspasos, que no incluye los acuerdos y fichajes de los últimos días de verano, lo que obligará a que los usuarios tengan que esperar varias semanas hasta que el offline de PES 2016 sea actualizado con los nombres y equipos actuales. Esto provoca que el DLC planeado para finales de noviembre, que incluía un nuevo estadio, se retrase sin fecha a la vista, ya que la editora no lanzará este Data Pack sin haber arreglado el problema de los traspasos antes. Konami pide perdon, asegurando que sabe "que está siendo frustrante para los fans, y para el equipo que hace el juego".