Donkey Kong y Mario vuelven a enfrentar, pero por medio de sus réplicas de juguete. Al contrario que en la primera parte, esta vez no utilizamos a Mario, sino que controlamos directamente a los Mini Mario. Para ello usaremos únicamente el stylus. El objetivo de cada nivel es lograr que llegue a la salida el máximo número de Mini Mario posible.
Tocando uno de ellos, se activa y empieza a andar. Tocándolo otra vez, hacemos que se pare. Los Mini Mario son de juguete así que, una vez puestos en marcha, avanzan hacia adelante y no paran a menos que se lo indiquemos. Si trazamos una raya hacia arriba empezando en el Mini Mario en cuestión, éste saltará. Con ello podremos acceder a plataformas un poco elevadas o activar interruptores. Los niveles están repletos de trampas y pequeños obstáculos que superar. Se puede interactuar con varios elementos dispuestos en los niveles, como por ejemplo unos bloques rosas que podremos mover de un sitio a otro y harán las veces de barrera o puente.
Los niveles parten con varios Mini Mario, a los que habrá que saber atribuir una misión específica que nos permita superarlos. Podremos visualizar en todo momento cualquier parte del nivel mediante unas flechas de scroll en los laterales de la pantalla. Cuantos más Mini Mario logremos salvar en los niveles de un mismo mundo, más tendremos para el enfrentamiento contra Donkey Kong, jefe final en cada mundo. Ello también nos otorgará más puntos para dicho nivel. En cada nivel nos puntuarán, y otros factores son el tiempo restante, los objetos recogidos, y si los Mini Mario han entrado consecutivamente. Aparte de la satisfacción personal de lograr superar el nivel de manera "perfecta", con ello lograremos desbloquear más niveles aún (en el original lográbamos duplicar el número de niveles de esta manera).
En la demo se podían jugar los tres primeros mundos, con sus respectivos diez niveles, con lo que era bastante completa. La versión final incluirá atractivos nuevos modos de juego. Uno será un creador de niveles, y en el otro modo podremos compartir nuestros diseños a través de la Conexión Wi-Fi de Nintendo. Los usuarios podrán descargar los niveles creados por otros jugadores y puntuarlos en función de su calidad. El propietario de un nivel muy bien valorado desbloqueará contenido adicional en su propio juego. Un nueva manera de incitar al jugador a crear niveles, que finalmente repercutirá en una experiencia más duradera para el resto de usuarios. Nintendo tiene claro cómo se juega a su portátil. Éste es el claro ejemplo de juego diseñado para una consola de partidas rápidas, y encima aprovecha totalmente las capacidades de la pantalla táctil. El resultado es un juego que pinta muy bien, especialmente para los amantes del género.