El modo multijugador que iba a incluir Prototype no será incorporado a la versión definitiva del juego, según ha confirmado el productor ejecutivo de Radical Entertainment, Tim Bennison, a la prensa online norteamericana. El motivo de la no inclusión del modo multijugador es que Prototype se concibió desde el principio como un título para un solo jugador, aunque la compañía decidió explorar las posibilidades de incorporar una versión multijugador. Sin embargo, la falta de tiempo para ofrecer un modo multijugador de calidad similar al de un solo jugador ha motivado que no se haya incluido esa modalidad, ya que la intención de la compañía siempre ha sido lanzar el juego este año.
No obstante, el alto cargo de la compañía comentó que Prototype ha sido concebido como una serie, por lo que, si el juego tiene éxito, se planterán si incluir en la secuela un modo multijugador con la calidad esperada.
Prototype es un juego de acción en tercera persona y será lanzado en PC, PlayStation 3 y Xbox 360.