La provincia japonesa de Saitama ha sido la segunda del país en prohibir la venta de Grand Theft Auto III a menores de 18 años. El gobernador de esta zona del país oriental afirmó que "he visto el juego y es demasiado violento y obviamente dañino. La libertad de expresión es una cosa, pero la educación de los jóvenes es también importante y esta era la única opción".
Los legisladores japoneses han considerado que el juego incluye "escenas de brutalidad" y que "promueve la violencia entre los jóvenes", por lo que lo han calificado de "publicación dañina", de modo que los comerciantes deberán poner el juego en estanterías separadas de los demás títulos. Caso de que, por despiste, se vendiera el juego a un menor, el comercio podría ser sancionado con una multa de hasta 300.000 yenes (2.218€).
Capcom, distribuidor del juego en Japón, ha respondido a estas calificaciones afirmando que van en contra de la libertad de expresión y que tales prohibiciones podrían sentar un precedente para próximos títulos.