Fue la fórmula anti-Barça de Mou

Mourinho utilizó a Pepe por primera vez como mediocentro en el Athletic-Real Madrid de Liga de la pasada temporada. Fue la gran prueba para el Clásico liguero del 16 abril. Aquel día, fue el hombre más importante del esquema, robó un gran número de balones y fue un incordio para Messi. También fue clave en la victoria al Barça en la final de Copa de Mestalla (recibió una calificación de tres ases). El portugués se convirtió en la bestia negra de los azulgrana. "Pepe, el coco del Barça", tituló AS en su portada del 22 de abril. Cinco días después, en el Clásico de ida de semifinales de la Champions volvió a ser mediocentro, pero tras una entrada donde no tocó a Alves, Stark le expulsó. El partido iba 0-0 y acabó 0-2... Disputó su último partido en el centro del campo ante el Zaragoza, en Liga (30 de abril).