El delantero se marchará cedido por una temporada al Racing de Santander, después de que los tres implicados hayan llegado a un acuerdo. Jonathan firmó una gran campaña con el Racing de Ferrol, equipo en el que estuvo cedido la pasada temporada, con el que marcó once goles y llegó a convertirse en el futbolista más regular de toda la campaña. Ya en el Villarreal el atacante llegó a disputar cuatro encuentros con la plantilla del primer equipo. En su debut marcó su primer gol en Primera al minuto de su ingreso en el terreno de juego.