En el 2000 Las Palmas vuelve a Primera y logra la permanencia haciendo un desembolso de unos 12 millones de euros, el mayor gasto de su historia, con Manuel García Navarro en la presidencia.
A finales de 2001 se acumula una deuda de unos 36 millones de euros y Luis Sicilia se hace cargo de la entidad tras la dimisión de Navarro.
En mayo de 2002 se consuma el descenso a Segunda A y poco después fracasa una ampliación de capital, lo que hace peligrar la continuidad de la entidad amarilla.
Un mes más tarde se salva la disolución por el traspaso de jugadores y subvenciones públicas. El Cabildo de Gran Canaria se hace con el poder. Preside Luis González.
La crisis económica comienza a afectar a la plantilla, dirigida por Yosu Uribe, y los jugadores se plantan en octubre de 2002 por los retrasos en los pagos de sus sueldos.
En marzo de 2003 el Cabildo, aprovechando su poder en el Consejo, aprueba el traslado al estadio de Gran Canaria y el club se queda sin derechos sobre el viejo Insular.
En mayo de 2003 y tras lograr la permanencia, Luis González deja la presidencia por las presiones de Manuel García Navarro, que presenta un Consejo presidido por Ricardo Ríos, al que pretendía controlar desde fuera.
García Navarro se hace con la mayoría de acciones en noviembre de 2003 y vuelve a la presidencia tras provocar la dimisión de Ríos. Una auditoría desvela que la deuda asciende a los 61 millones de euros.
En diciembre de 2003 echa a Juan Manuel Rodríguez, técnico que comenzó la temporada, y ficha a David Vidal.
En marzo de 2003, con el equipo en la zona baja y sin apoyos institucionales, el presidente anuncia en un chat que se va en la próxima Junta. Poco después los accionistas le obligan a continuar.
En junio se confirma el descenso a Segunda B. Antes el presidente había echado a Vidal y contratado al desconocido Stambouli, que dura en el cargo tan sólo 7 días.
Se inicia esta temporada con una deuda superior a los 66 millones de euros y con un técnico, David Amaral, en el que el presidente no confía.
A inicios del mes de noviembre, el Consejo de García Navarro solicita la administración concursal del club.
