Solo o en modo cooperativo, el objetivo en Alcatraz es tomar el control de un soldado de elite y adentrarse en la impenetrable cárcel, donde un grupo terrorista ha tomado a varios rehenes. Como gran particularidad, alterna entre los 2D con scroll horizontal y la primera persona.

La Teniente Ripley debe avanzar a través de quince niveles de prisión espacial, acosada por los aliens y con la misión de sobrevivir a las criaturas, rescatar a todos los humanos posibles y explorar las fases para encontrar una salida en las laberínticas instalaciones.