Mysterio ha secuestrado a Mary-Jane y sólo Spider-Man puede lograr rescatarla, para lo que usará sus habilidades aracnidas tanto para desenvolverse por los escenarios como para resolver los diferentes puzles que se interponen en su camino.

ATF II propone realizar misiones con un avión ficticio futurista, equipado con tecnología que facilita la maniobralidad y la capacidad ofensiva del aparato, lo que también explica el cierto aire arcade, que lo hace más un juego de acción que simulador.