Pro Cycling Manager 2006 te ofrecerá nuevos objetivos, sistemas de entrenamiento y de forma física, recorridos de las grandes vueltas que varían de época en época, nuevo modo tutorial para descubrir el juego y las tácticas del ciclismo, y una nueva Inteligencia Artificial, más agresiva, y nuevas tácticas de carrera. Por su parte, el modo multijugador para red local e Internet no faltará a la cita, incluyendo un sistema de clasificación Mundial.