Los reinos terrestes han caído bajo las garras de Shao Khan. El emperador de Outworld engañó a todos en Mortal Kombat 2 y aprovechó el torneo para tender una trampa y crear un vínculo dimensional con la tierra. Ahora, un pequeño grupo terrestre reunido por Raiden debe tratar de romper ese vínculo y derrotar al emperador en este nuevo torneo.