La historia principal se centra en la ciudad de Chicago, en el año 2013, diez años después del gran apagón Norteamericano en 2003, y nos lleva al entorno de un hombre llamado Aiden Pearce, quien ha hackeado el "CtOS" (Central Operating System) de Chicago, el cual es un sistema informático centralizado que controla casi todos los dispositivos tecnológicos de toda la ciudad, y contiene información detallada de los habitantes, la cual puede ser utilizada para distintos propósitos.

El protagonista es especialista en el hackeo de varios dispositivos electrónicos como teléfonos móviles, cámaras y semáforos para lograr el objetivo de la misión. También podrá bloquear las comunicaciones y escuchar conversaciones telefónicas, todo esto, desde su dispositivo que recuerda vagamente a un iphone. Se puede acceder también a la información de la base de datos central de los personajes no jugables como información personal, salud y su probabilidad de violencia.